נפילת-אפיים נוהגת רק במקום שיש בו ספר-תורה וכפי שנאמר (יהושע ז, ו): "ויפול על-פניו לפני ארון ה'", וכל מבנה בית-הכנסת נחשב כמקום שיש בו ספר-תורה. במקום שאין ספר-תורה אומרים את המזמור בישיבה מבלי לכסות את הפנים ויש נוהגים ליפול גם כשאין ס"ת, וי"א שכך מנהג הרבי. בעת נפילת-אפיים יש להרכין את הראש ולהשעינו על זרוע היד, בבוקר כשמניחים תפילין בשמאל נופלים על יד-ימין -ואיטר שמניח בימין נופל בשמאל- ובמנחה נופלים על יד-שמאל. בעת נפילת-אפיים נוהגים לכסות את הפנים בבגד, ואין מסתפקים בכיסוי הראש ביד, מפני שהיד והפנים שייכים לגוף אחד, ואין הגוף יכול לכסות את עצמו. יחיד המתפלל בביתו כשמתפלל בשעה שהציבור מתפללים בבית-הכנסת יכול ליפול עמהם בשעה שהם נופלים, שאפילו מחיצה של ברזל אינה מפסקת בין ישראל לאביהם שבשמים.